Ambientada 1.300 años después de los acontecimientos de Cómo entrenar a tu dragón, los dragones son ahora sólo una leyenda en el mundo moderno. Cuando una anomalía geológica abre una inmensa fisura de kilómetros de profundidad en la superficie de la Tierra, científicos de todo el mundo se reúnen en un nuevo centro de investigación para estudiar el misterioso fenómeno. Pronto, un grupo de niños inadaptados, traídos al sitio por sus padres, descubren la verdad sobre los dragones y dónde se han estado escondiendo, un secreto que deben guardar para proteger lo que han descubierto.