Una chica se convierte en mágica a cambio de su preciado deseo. El destino de las chicas mágicas, las Puella Magi, es pelear contra las brujas, que lo destruyen todo al plantar las semillas de la desesperación. Y al final, ellas mismas sucumben a eso, al transformarse en brujas también. Este terrible ciclo se ha repetido tantas veces que ha dado lugar al sacrificio de Madoka Kaname, y un nuevo orden se estableció en el mundo. Sin embargo, la batalla de las Puella Magi debe continuar. La razón de todo esto es la compensación por el milagro. Sin poder borrar de su memoria los recuerdos de la muerte de Madoka, Homura Akemi continúa luchando solitariamente en el nuevo mundo que se ha generado. Y sus sentimientos dan lugar a una nueva historia...

Madoka Kaname, la chica que alguna vez fue el pilar para la ley de los ciclos, y Sayaka Miki, la chica que alguna vez perdió su vida cuando se agotó su poder mágico; ambas aparecen frente a Homura. ¿Cuál es el significado de la aparición de dos chicas que se supone que no deberían existir más? ¿Acaso Nagisa Momoe, la nueva Puella Magi de rostro inseguro, tendrá la verdad al respecto? ¿Y qué es ese nuevo enemigo que atenta contra el orden de Dios y amenaza al mundo?